Una dintre cele trei biserici rupestre din Arhiepiscopia Argeșului, biserica de la Cetăţuia Negru Vodă, al cărei hram vechi a fost „Soborul Sfinţilor Îngeri”, este ridicată pe un promotoriu stâncos, pe malul stâng al Dâmboviţei. Tradiţia atribuie așezământul secolelor al XII‐lea – al XIV‐lea. Există, însă, alte opinii, conform cărora biserica ar data din perioada precreștină, idei susţinute de existenţa gropilor de libaţii, săpate în stânca muntelui de către asceţii geto‐daci. În sfântul altar, în spatele sfintei mese, între sărbătorile Izvorul Tămăduirii și Adormirea Maicii Domnului curge un izvor vindecător.
Prima menţiune documentară despre biserica rupestră apare abia în 1574, însă pictura iniţială, deteriorată în mare parte, ascunsă de alte două straturi suprapuse, păstrează chipurile princiare ale lui Nicolae Alexandru Basarab voievod (1353‐1364) și Radu Negru voievod. Caz aproape unic în arhitectura edificiilor de cult ortodox din Ţara Românească, biserica rupestră are două altare, unul fiind cel catolic, al doamnei Clara, soţia de confesiune catolică a lui Nicolae Alexandru voievod.
Consemnată ca fiind „cea mai aspră vatră de sihăstrie din Ţara Românească”, viaţa monahală de aici a continuat fără întrerupere. Între anii 1673 și 1677, marele vornic Neagoe Secuianu a adus unele îmbunătăţiri așezământului monahal, lucrările fiind continuate apoi sub epitropia fostului mare vornic Radu Golescu. În anul 1821 schitul a fost prădat și ars de turcii, fiind refăcut, la 1859, de locuitorii satului Cetăţeni. Printre cei care „s‐au ostenit” cu refacerea picturii bisericii, se numără Gheorghe Vineţanu (Veneţianul – pictorul Giorgio Venier ?), monahul Iosif stareţul și Neaga ucenicul (?). După restaurarea din anul 1859 s‐a pus pisania, care precizează: „Acest Sfânt Locaș s‐a preînnoit în zilele Prea Înălţatului Alexandru Ioan I‐iu, fiind mitropolit Prea Sf. Sa Nifon prin osârdia domniilor lor părintele Ioan sin popa Ene, Bucur Apostol, G. Diaconescu și Nicolae sin Bucur”. Istoricul Pavel Chihaia consideră că ultimul care a pictat biserica rupestră, în anul 1859, a fost Gheorghe Tattarascu.
Pisania, de pe peretele nordic al pronaosului, are următorul conţinut: „Acest sfânt locaș cu numele Cetăţuia care de la Negru Vodă își are începutul, a fost și în trecut schit de călugări și în vremuri grele loc de scăpare pentru voievozii ţării, însă cu trecerea timpului a căzut în ruine, ajungând chiar adăpost vitelor. S‐a restaurat cu ajutorul preotului Gheorghe Moisescu de la Biserica Domnească din Câmpulung, ajutat de ieromonahul Agatanghel Andriţoiu de la schitul Stănișoara (Argeș) și fratele monah Nicolae Băcioiu de la peștera Ialomicioara la anul 1915‐1916. S‐a sfinţit în ziua de 22 iulie 1923.”
În Valea Chiliilor din apropierea Mănăstirii, unde s‐au nevoit în viaţă schivnicească mulţi sihaștrii, s‐au aflat și moaștele Cuviosului schimonah Ioanichie, așezate acum spre închinare în biserica Mănăstirii Negru Vodă. Prin hotărârea luată de Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Române din iunie 2009, s‐a aprobat canonizarea Cuviosului Ioanichie cel Nou de la Muscel, având ca zi de prăznuire 26 iulie. Din anul 1992 schitul dobândește statutul de mănăstire, iar din anul următor au început numeroase renovări, printre care se numără și construirea unei noi biserici de lemn, în stil maramureșean, a cărei sfinţire s‐a făcut la 26 septembrie 2004 de către Înaltpreasfinţitul Arhiepiscop Calinic al Argeșului și Muscelului.
Biserica de lemn, cu hramul „Adormirea Precistei” a fost ridicată de meșterii maramureșeni Puicariu Ion, Puicariu Gheorghe și Mocuţa Petru din Poienile Izei. Pisania, așezată deasupra intrării în pronaos, consemnează: „Această casă ce Tatăl a zidit, Fiul a întărit și Duhul Sfânt a înnoit, ridicatu‐s‐a pe temelie de stâncă, nu pe nisipuri mișcătoare, întru pomenirea Adormirii Precistei. Nu de fală ci din credinţă înmugurit‐a lucrarea aceasta ce și înaintașii noștri și‐au dorit, în zilele și cu binecuvântarea Prea Sfinţitului Calinic, arhipăstor al celei dintâi eparhii a Ţării, urmaș al celor ce dintru început și‐au avut scaunul în Argeș și Muscel; stareţ al acestui sfânt altar fiind protosinghelul Modest Ghinea. Şi se sfârșiră toate, și se sfinţi în 26 zile ale lunii lui septembrie, anul mântuirii 2004, iar de la Facere 7513”.
Stareţul Modest Ghinea poartă grijă de sihăstria musceleană, înălţând rugăciuni din taina stâncilor abrupte de la Cetăţeni.